El buen rendimiento de John Duque con Millonarios le vale para que el club haya tomado la decisión de hacerse con la totalidad de sus derechos.
El jugador disputó 14 partidos en el Torneo Apertura de Colombia, en los que participó en 13 encuentros como titular. En el Clausura dispuso de 16 choques, en los que pudo sumar una sola asistencia.
Participó en la Copa Libertadores en los dos choques que tuvo su equipo en la competición, donde anotó un gol ante Atletico PR en Bogotá. Ahora, el jugador ya es de Millonarios para la próxima campaña, tras finalizar la última temporada en cuarta posición.