En el global de estos tres partidos, el conjunto castellonense ha conseguido marcar cinco goles y ha recibido uno. El primer enfrentamiento se produjo en la Copa Intertoto de la temporada 2003-2004 y en aquella ocasión el Villarreal se deshizo del Brno tras empatar 1-1 en el partido de ida en tierras checas y vencer por 2-0 en El Madrigal.
Los otros dos enfrentamientos tuvieron lugar en la temporada 2015-2016. En la fase de grupos se impuso al Viktoria Plzen por la mínima (1-0) y lo mismo hizo con el Sparta de Praga en los cuartos de final (2-1) al que además apeó con un resultado global de 6-3.
Por su parte, el Slavia de Praga no conoce la victoria en España en sus cuatro visitas y su balance ha sido de dos derrotas y dos empates.
El primer compromiso lo afrontó en la Copa de la UEFA 95-96 contra el Valencia (0-0) y más tarde llegarían las dos derrotas ante Celta (3-0) y Sevilla (4-2) en la Liga de Campeones 2003-2004 y 2007-2008, mientras que en el último duelo, en 2009, firmó tablas (1-1) contra el Valencia en la fase de grupos de la Europa League.