El centrocampista disputó su primera cita mundialista en 2006. Con solo 20 años, en una temporada en la que llegó a la Lazio procedente del Estrella Roja, estuvo en Francia 1998 representando a Yugoslavia.
Stankovic disputó los tres partidos de la fase de grupos, pero no fue alineado en los octavos de final. En dicha fase, quedarían eliminados del torneo al perder por 2-1 ante Holanda.
Los problemas políticos terminaron con la separación de Yugoslavia en cinco estados independientes en 2001. El futbolista, nacido en Belgrado, pasó a pertenecer a Serbia y Montenegro.
Con el nuevo combinado, y ya en las filas del Inter de Milán, participó en el Mundial de Alemania 2006, aunque el rendimiento del equipo fue bastante decepcionante. Acabaron últimos de grupo con cero puntos, dos goles a favor y 10 en contra ante Costa de Marfil, Argentina y, de nuevo, Holanda.
Pero los cambios políticos y sociales no cesarían y, tras un reférendum en el que los habitantes de Montenegro decidieron separarse de Serbia a un mes del Mundial, Stankovic formaría parte de su tercera selección diferente.
Con la camiseta serbia, nuestro protagonista llegó a Sudáfrica en 2010 para hacer historia. Sin embargo, a pesar de obtener un curioso récord, volvió a quedarse fuera en la fase de grupos como último. Serbia perdío ante Ghana (1-0) y Australia (2-1), aunque logró vencer sorprendentemente a Alemania (1-0).
A pesar de haber estado en tres Mundiales y hacerlo con tres camisetas diferentes, Stankovic nunca disputó un partido de una fase posterior a la inicial. Cosas del fútbol... y de la política.