La última lesión que sufrió ante Perú parece ser la más grave sufrida en su carrera. Según algunas informaciones podría sufrir rotura del ligamento cruzado anterior y ligamento lateral interno de su rodilla derecha. Sólo llevaba disputado tres minutos de partido cuando sufrió la lesión. La última vez que vistió la 'Albiceleste' en un partido oficial fue hace dos años.
Con la llegada de Mourinho al banquillo del Real Madrid, el protagonismo de Gago en el centro del campo del equipo blanco empezó a disminuir considerablemente, entre otras razones por una serie de lesiones de rodillas, esguinces y desgarros, que le impidieron demostrar su nivel de juego al técnico portugués.
En su etapa en Roma la situación no fue mucho mejor. Es cierto que volvió a demostrar de lo que era capaz de hacer sobre el terreno de juego con buen juego, pero otra nueva lesión de rodilla lo apartó de la titularidad. Puso rumbo entonces a Valencia, donde no alcanzó su mejor nivel, lastrado de nuevo por lesiones de rodilla.
Regresó a Argentina, a Vélez Sarsfield, donde sólo pudo jugar 9 partidos de los 29 que podría haber disputado. Ya de regreso a Boca, el club de sus amores, la cosa empeoró. La casualidad quiso que Gago se rompiera dos veces el tendón de Aquiles en sendos 'Superclásicos' ante River. Antes de esto, estuvo cerca de no poder disputar el Mundial de Brasil por una distensión de ligamentos en su rodilla izquierda.
La posible rotura de ligamentos de la rodilla podría ser la última de esta larga lista de contratiempos que no han permitido a Gago mostrar regularidad en su juego. De confirmarse, el ex madridista estaría entre 4 y 6 meses de baja.