En un comunicado, el club también informó de que, junto a Emanuel, abandonan el conjunto sus ayudantes Virgílio Fernandes y Rui Gomes.
Pedro Emanuel, que fue jugador del Oporto hasta que se retiró en 2009, llegó al banquillo del Estoril en marzo del año pasado.
De momento, el club no ha anunciado quien será su sustituto.
Este es el tercer entrenador que cae esta temporada en la primera división de la Liga de Portugal.
Miguel Leal dejó el banquillo del Boavista y lo sustituyó Jorge Simao en la quinta jornada, mientras que tras la octava jornada fue cesado como entrenador del Desportivo das Aves Ricardo Soares para que Lito Vidigal se hiciera cargo del vestuario.