Chalobah, de 22 años, que fichó por el Watford por 5,5 millones de libras procedente del Chelsea, sufrió la lesión durante un entrenamiento la pasada semana.
"Aunque no podemos saber con exactitud el tiempo estimado de recuperación, esperamos que se pueda reintegrar al grupo antes del año que viene", aseguró Gavin Benjafield, directivo del Watford.
Chalobah había jugado los primeros cinco primeros partidos de la Premier League con su nuevo equipo, y su buen rendimiento fue premiado por el seleccionador inglés, Gareth Southgate, con una llamada a la selección absoluta inglesa para los dos últimos partidos de clasificación al Mundial de Rusia 2018.